È un’analisi avanzata del DNA dei microrganismi nelle feci per mappare la biodiversità microbica e identificare squilibri (disbiosi) legati a problemi digestivi, infiammazioni, allergie o malattie croniche.
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Ultimo aggiornamento: 19.05.2026
Francesco Di Pierro
Microbiologo, Direttore dell’Ambulatorio Microbiota
L’analisi del microbiota intestinale è la valutazione scientifica della composizione tassonomica, tramite analisi del DNA dei microrganismi intestinali, usata come strumento analitico al fine di monitorare lo stato di salute generale e/o uro-ginecologico, in questo secondo caso mediante analisi del microbiota vaginale.
Il tuo intestino sa molte cose di te. Ospita miliardi di microrganismi che convivono in un perfetto equilibrio. Il funzionamento di tali microrganismi intestinali influenza la digestione, le difese immunitarie, l’umore e anche gli ormoni femminili. Quando “qualcosa non va” nel tuo organismo, infatti, l’intestino è il primo a “lanciare i segnali d’allarme”. In questo contesto, l’analisi del microbiota intestinale è un esame non invasivo che permette di ascoltare davvero il tuo intestino e di identificare le possibili alterazioni del suo perfetto ecosistema. In tal modo è possibile capire se qualcosa, in modo silenzioso, sta incidendo sul tuo benessere quotidiano.
Cos’è l’analisi microbiota intestinale
Nel tratto digerente vivono oltre mille miliardi di microrganismi (batteri, virus, funghi, protozoi) che formano un ecosistema unico e in continua evoluzione. Per comprenderlo a fondo, è utile distinguere due concetti spesso confusi: il microbiota, che descrive l’identità tassonomica di questi microrganismi (ossia quali specie sono presenti e in che quantità), e il microbioma, che ne descrive, invece, la funzionalità genomica (cioè le funzioni che questi microrganismi sono potenzialmente in grado di svolgere).
L’analisi del microbiota intestinale esamina il primo di questi aspetti (e ne deriva alcuni di funzionalità genomica) attraverso una tecnica molecolare avanzata chiamata Next Generation Sequencing (NGS). Si tratta di una mappatura del DNA ricavata da un campione fecale, in grado di rilevare anche le specie batteriche che non possono essere coltivate in laboratorio con i metodi tradizionali. Il risultato è una “fotografia dettagliata” dell’ecosistema intestinale, che permette di valutare se si trova in uno stato di equilibrio (eubiosi) o di squilibrio (disbiosi).
Quando è indicata l’analisi del microbiota intestinale
L’analisi microbiota intestinale non è un esame di routine, ma uno strumento analitico da valutare insieme al medico curante (se in grado di interpretarlo) o a professionisti del settore, esperti in analitica del microbiota.
È particolarmente, ma non solo, indicata in presenza di:
- disturbi gastrointestinali cronici: meteorismo, flatulenza eccessiva, alternanza di diarrea e stitichezza, colon irritabile
- difficoltà metaboliche: aumento di peso non spiegato da abitudini alimentari, difficoltà a raggiungere il senso di sazietà, pulsione verso gli zuccheri
- condizioni infiammatorie e autoimmuni: malattie infiammatorie croniche intestinali, celiachia, allergie ricorrenti, disturbi atopici
- terapie recenti con antibiotici, che possono ridurre significativamente la biodiversità batterica e favorire specie resistenti
- fasi della vita con maggiore vulnerabilità: ad esempio nelle bambine, per valutare lo sviluppo del sistema immunitario, e nelle donne in menopausa, dove il microbiota tende a diventare più instabile e meno protettivo
Microbiota intestinale e salute ginecologica
L’intestino e l’apparato genitale femminile non sono sistemi separati e tra i due esiste un dialogo continuo, frutto non solo della loro prossimità anatomica (con trasferimento di microorganismi) ma anche dell’interdipendenza funzionale esistente tra i due comparti ecologici.
Per questo motivo, l’analisi del microbiota intestinale può essere indicata anche in presenza di infezioni uro-ginecologiche ricorrenti. L’analisi del microbiota vaginale potrà poi fornire ulteriori informazioni utili alla comprensione del caso. Analisi di questo tipo sono effettuabili da chiunque, donne in menopausa incluse.
Analisi del microbiota intestinale (e/o vaginale): come si fa
L’esame non prevede procedure invasive e si basa su un esame del DNA presente nel materiale fecale (o nelle secrezioni vaginali) da effettuare in autonomia a casa. Il campione, da non campionare solo in concomitanza di terapia antibiotica o se non sono passati almeno 40 giorni dall’ultima dose di antibiotico, viene prelevato secondo precise istruzioni, per evitare contaminazioni che potrebbero alterare i risultati, e in seguito consegnato al laboratorio per l’analisi NGS.
Il referto che emerge è una lettura funzionale dei microrganismi presenti nell’intestino (o nella vagina) articolata su più livelli:
- ricchezza e diversità
- abbondanza relativa dei vari taxa (categorie di classificazione dei microrganismi)
- potenziali implicazioni cliniche in relazione all’ospite (ossia possibili correlazioni con la salute della persona)
Il consulto di interpretazione del referto è una parte essenziale del percorso. Il sanitario (solitamente una/un gastroenterologo o una/o specialista in nutrizione con competenze in microbiologia) legge i risultati dell’analisi nel contesto clinico della persona, interpretandoli all’interno della storia alimentare, dei sintomi, delle eventuali terapie in corso e dello stile di vita.
Dalla visita possono emergere diverse indicazioni cliniche e percorsi terapeutici mirati. È possibile che venga prescritta l’assunzione di probiotici specifici (non tutti i ceppi hanno le stesse funzioni), modifiche dietetiche o integrazioni nutraceutiche.
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Fonti
- https://www.raiplay.it/video/2021/07/Microbiota-intestinale-la-ricerca-svela-segreti-di-salute-e-malattia—Unomattina-estate—29072021-5a15f72b-94c8-4fd4-87ca-b68d610d7c05.html
- https://www.youtube.com/watch?v=HVPhbzhVJ2E
- https://www.fondazionegraziottin.org/it/scheda.php/Microbiota-vulvo-vaginale-un-fattore-di-salute-generale-e-riproduttiva?EW_CHILD=31129 (focus Graziottin su microbiota e ginecologica)
- https://microbioma.it/gastroenterologia/microbiota-e-microbioma-quale-differenza/
- https://www.issalute.it/index.php/la-salute-dalla-a-alla-z-menu/f/flora-intestinale-microbiota-e-microbioma
FAQ
Devo seguire una preparazione prima di raccogliere il campione di feci?
È sempre consigliabile mantenere le proprie abitudini alimentari e di vita senza cambiarle per la raccolta. Gli antibiotici e gli antifungini alterano sempre il risultato analitico rendendolo illeggibile. Devono quindi passare almeno 40 giorni dall’ultima dose somministrata. Per gli antifungini, 15-20 giorni possono essere sufficienti. Nessun’altra terapia, probiotici inclusi, altera in maniera sostanziale la lettura. A meno di diverso parere medico, mantenere quindi inalterate le terapie in corso.
I risultati delle analisi del microbiota sono definitivi?
No. Il microbiota è dinamico, cambia con l’alimentazione, lo stress, i farmaci e le stagioni della vita, il lifestyle. Il referto descrive quindi lo stato attuale di intestino e vagina. Nei percorsi di riequilibrio, l’analisi può quindi essere ripetuta per monitorare i progressi nel tempo.
Posso richiedere l’analisi del microbiota senza avere sintomi digestivi o uro-ginecologici?
Sì, perché le disbiosi possono precedere le situazioni di disconforto intestinale e/o vaginale. E può essere saggio analizzare i distretti intestinale e/o vaginale per averne contezza e per intercettare condizioni di disbiosi potenziale.